Vanderbiltova ultra meka pseudopotencijalna lokacija

Source: http://www.physics.rutgers.edu/~dhv/uspp/

To je primarno mjesto za distribuciju „Ultraupotrebljen Sčesto Pseudo Potencijal” (USPP) generacije kodom iz grupe David Vanderbilt Sveučilišta Rutgers.

Sadržaj

  • Pregledavanje i preuzimanje USPP paket
  • Fortran izvori za pseudopotencijal generacije
  • Pretvorba u šapi formatu koristeći USPP2PAW
  • Pseudopotencijal knjižnice
  • Preuzimanja
  • Početak
  • Dokumentacija
  • Korisnik zajednica
  • Arhiva ranijih verzija
  • Povratne informacije
  • Priznanje

Pregledavanje i preuzimanje USPP paket

Poduzeti prvi pogled na ovaj paket i upoznati s njegovim sadržajem, možete pregledavati najnoviju verziju u obliku stablo direktorija.

Međutim, za korištenje paket, trebali biste ga skinuti kao što je opisano u nastavku.

Fortran izvori za pseudopotencijal generacije

Ovaj se kod besplatno distribuira pod uvjetima GNU GPL javne licence. Možete ga koristiti za vlastite istraživačke svrhe ili ga proslijediti drugima za sličnu uporabu. Međutim, imajte na umu sljedeća ograničenja:

  • Kôd nije zajamčeno da se bug-free.
  • Kvaliteta pseudopotencijali generirani od strane navedenih ulaznih datoteka nije zajamčena.
  • Nema aktivnog podrška je osigurana za ovaj paket

Fortran izvori u USPP paketu počinju s izdanjem 7.3.3 (uspp-733). Prethodne su verzije distribuirane samo putem zahtjeva za e-poštu; posljednji je bio “a7.3.2”. Što se tiče Fortranovih izvora, uspp-733 je u suštini funkcionalno ekvivalentan a7.3.2 (samo manji popravci i kozmetička poboljšanja napravljeni su od a7.3.2 do uspp-733).

Glavne promjene od a7.3.2 do uspp-733 su velika obnova strukture direktorija, napraviti-datoteka i dokumentacije te dodavanje biblioteke doprinosnih pseudopotencijala.

Pogledajte Izvor/README za sažetak poboljšanja koja su napravljena za izvorne kodove iz jednog izdanja u drugo, uključujući i ona koja su dovela do najnovijeg uspp-736. Najdetaljnije informacije o povijesti izdanja nalaze se u komentarima zaglavlja koji čine prvih nekoliko stotina redaka glavnog programa runatom.f.

Pretvorba u šapi formatu koristeći USPP2PAW

Zahvaljujući Marc Torrent i Francois Jollet, moguće je da se krpa USPP koda tako da se stvara šape (projektor proširen pećnica) potencijale čitljiv od strane ABINIT. Pogledajte Kako izgraditi šape atomske podaci za ABINIT pomoću USPP generator za upute i veze za preuzimanje.

Pseudopotencijali knjižnice

Korisnici u potrazi za knjižnice već kreiranog pseudopotencijali su predložili da koristite Garrity-Bennett-Rabe-Vanderbilt (GBRV) Pseudopotencijal knjižnica koji je razvijen u 2013 Kevin F. Garrity, Joseph W. Bennett, Karin M. Rabe i David Vanderbilt, kako je opisano u „Pseudopotencijali za visoke propusnosti DFT izračunima,” Comp. Mater. Sci. 81, 446 (2014) (lokalni preprint). Ova knjižnica je dizajniran i testiran za uporabu u visoke propusnosti proračunima koji zahtijevaju precizan, sveobuhvatan i računalno jeftin pseudopotencijal knjižnicu, a to je testiran u mnogim lijepljenje sredinama.

Knjižnica je nastala u pokušaju da bude 1) sveobuhvatna, 2) robusno točna i 3) računski jeftina. Osmislili smo biblioteku za jednu graničnu liniju niskih ravnina i testirali je usporedbom sa svim elektronskim proračunom za različite metalne, ionske i kovalentno vezane materijale. Otkrili smo da knjižnica GBRV daje konstante rešetke, skupne module i magnetske momente koji su veće ukupne točnosti od ostalih sveobuhvatnih pseudopotencijalnih knjižnica, i na usporedivim ili nižim troškovima računanja.

Iako su optimizirane za izračune visoke propusnosti, pseudopotencijali bi trebali biti prikladni za mnoge aplikacije.

Ostavština knjižnica: Prije sam objavio „Legacy Knjižnica” od pseudopotencijali koje su okupljene tijekom vremena, uglavnom biti članovi Vanderbilt skupine, a uglavnom u kasnim 1990-ih i ranih 2000-ih. Ova knjižnica je nepotpun, ad hoc, a ne dosljedno testirani. Ja više ne preporučamo korištenje ove, ali za kompatibilnost detalji još uvijek su postavljene ovdje.

Preuzimanja

Svaka od niže navedenih veza upućuje na arhivu distribucije s oznakom i gzipom, navedenu obrnutim kronološkim redoslijedom. Prvi dio imena (npr. “Uspp-736”) odnosi se na izdavanje fortranskih izvora u direktoriju Bin/Zadnja znamenka (npr. “-0”) odnosi se na slijed ažuriranja stvari kao što su biblioteka pseudopotencijala, dokumentacija ili makefile.

Na većini Unix sustava arhivu možete raspakirati radeći nešto slično

   gunzip uspp-736-0.tgz
   tar xf uspp-736-0.tar
   rm uspp-736-0.tar

Početak

Ako samo želite stvoriti jednu ili više pseudopotencijali koje su već uključene u knjižnici, trebali naći većinu informacija vam je potrebna u AA-quick-start, koji objašnjava kako sastaviti i pokrenuti program za generiranje pseudopotencijal iz parametar knjižnica datoteke.

Ako ste ambiciozniji, a željeli biste izmijenili postojeće pseudopotencijal ili generirati potpuno novi, vidi Doc/TUTORIAL.

Imajte na umu da, po defaultu, pseudopotencijal generira kao neformatirani binarne datoteke podataka kako je opisano u Doc/FORMAT. Ako je potrebno, može se pretvoriti u formatirana obliku korištenjem uslužni program reform.f u utils imenik.

Dokumentacija

Sljedeće datoteke mogu biti od pomoći u orijentaciji:

  • AA-QUICK-START: Bsmjernice za sastavljanje i izvođenje programa za generiranje potencijala u knjižnici.
  • Doc/TUTORIAL: Ako želite stvoriti svoj vlastiti pseudopotencijal, ovo je mjesto za gledanje. To vam također može pomoći da ocijenite kvalitetu postojećeg potencijala u knjižnici dajući neke savjete o tome što tražiti u izlaznoj datoteci.
  • Doc/INPUT_AE: Opis strukture ulaznih datoteka za preliminarne sve-elektrone.
  • Doc/INPUT_GEN: Opis strukture ulaznih datoteka za generiranje pseudopotencijala.
  • Doc/FORMAT: Opis strukture izlaznih datoteka i upute za pretvaranje u formatirani oblik.
  • Utils/read_uspp.f: Primjer programa koji daje sažeti pregled strukture pseudopotencijalnih datoteka.
  • Source/runatom.f: Ovo je glavni fortran program. U izvornom kodu postoji neka interna dokumentacija.

Literaturne reference o ultrazvucnim pseudopotencijalima prvenstveno su one:

  • David Vanderbilt, „Mekano ja-dosljedna Pseudopotencijali u Općeg svojstvenoj vrijednosti formalizma”, Fiz. Rev. B 41 (Brze komunikacije), 7892 (1990). (Časopis kopijalokalna kopija)
  • Kari Laasonen Roberto automobila, Changyol Lee, David Vanderbilt, „Implementacija Ultramekana Pseudopotencijali u ab-initio Molekularna dinamika”, Fiz. Rev. B  43  (Brze komunikacije), 6796 (1991). (Časopis kopijalokalna kopija)
  • Kari Laasonen, Alfredo Pasquarello, Changyol Lee, Roberto Car, i David Vanderbilt, „Auto-Parrinello Molekularna dinamika s Vanderbilt je Ultramekana Pseudopotencijali”, Fiz. Rev. B 47, 10142 (1993). (Časopis kopijalokalna kopija)

Korisnik zajednica

Svjestan sam sljedećih otvorenih kodova koji mogu koristiti ultrazvučne pseudopotencijale koje generira ovaj paket:

  • DACAPO. DACAPO je dio KAMP Otvoreni softver (CAMPOS) projekt Centra za atomsku razmjera fiziku materijala (CAMP) na Tehničkom sveučilištu u Danskoj. To je ukupno energije Program se temelji na gustoći funkcionalnoj teoriji pomoću avion-val osnovu i Vanderbilt ultrasoft pseudopotencijali. Program obavlja samostalno u skladu izračune za domaće gustoće približavanja (LDA), te razne generalizirani Gradijent Približavanje (GGA) exchange-korelacije potencijala. To može obavljati molekularne dinamike i strukturne olakšice i može se sastaviti za seriel kao paralelni izvršenje na mnoge hardverske platforme. DACAPO distribucija sadrži biblioteku ultrasoft pseudopotencijali pokrivaju većinu periodnog sustava, generirani pomoću starije verzije a7.0.0 ovog paketa. Međutim, DACAPO Knjižnica se fokusira na pružanje same pseudopotencijali u binarnom obliku, nego ulaznih datoteka generacije. Potonji se sada nalaze ovdje za mnoge elemente u DACAPO knjižnici. Za više informacija, vidi gore.
  • PWSCF.

PWSCF (avion-Prehrana skladu polje) je skup programa za elektroničke izračune strukturu unutar gustoće funkcionalna teorija i teorija perturbacija gustoće funkcionalan, pomoću ravnog vala osnovnim setom. Primarni su autori S. Baroni, S. de Gironcoli, A. Dal Corso, i P. Giannozzi. Ona podržava nekoliko okusa normi koje čuvaju pseudopotencijali i dva okusa ultrasoft one (vidi ovdje, „VDB” označava kompatibilnost s ovom paketu, dok je „RRKJ3” je drugačiji format). Dok su ranija verzije ovog koda paketa imao neka ograničenja kao što mogućnosti mogu se koristiti s ultrasoft potencijala, ta ograničenja su sada u velikoj mjeri uklonjene, izuzetak je da je računanje derivata trećeg reda su još uvijek nespojivo s ultrasoft potencijala.

  • JDFTx. JDFTx je gustoća ravnina vala funkcionalni kod provedbe  zajednički gustoće funkcionalna teorija  [SA Petrosyan, AA i TA Rigos Arias, J Phys Chem B.  109, 15436 (2005)], koji predstavlja posebno pogodan okvir za ab initio izračune u elektrokemijske kontekstima, npr, elektroničkih sustava u kontaktu s tekućim sredinama.

Rutine konverzije sada su razvijene za:

Abinit je revidiran kako bi se proveo Projected Augmented Wave (PAW) opisi atoma (koji se, grubo govoreći, mogu smatrati “pseudopotencijali”. Modul pod nazivom “USpp2Abinit” omogućuje izgradnju PAW potencijala iz početne ultrazvučne pseudopotencijal generirane pomoću USPP koda. Abinit verzije 4.2.1 i novije će imati tu značajku. Za više informacija pogledajte

Osim toga, sljedeći vlasnički paketi su također kompatibilni:

  • CPMD. CPMD kod je provedba avion val pseudopotencijal gusto-funkcionalna teorija, posebno dizajniran za ab-initio molekularne dinamike. Njegova prva verzija je razvijen od strane Jürg Hutter na IBM Zurich Istraživačkom laboratoriju počevši od originalnih auto-Parrinello kodova. Trenutna verzija 3.5 je zaštićen autorskim pravima zajednički IBM Corp i Max Planck instituta u Stuttgartu, te se distribuira besplatno neprofitnih organizacija. Ja podržava i normi koje čuvaju i ultrasoft pseudopotencijali.
  • CASTEP. Trgovački softver dostupan od Accelrys (prethodno Molekularna Simulacije Inc). Opće namjene konjugat gradijent ravnine vala pseudopotencijal kod. Uključuje vlastitu knjižnicu uspp-73X-kompatibilan ultrasoft pseudopotencijali.
  • CUSP. Kvržica (Kondenzacijska-gradijent UltraSoft Pseudopotencijal) paket razvijen u skupini D. Vanderbilt u ranim 1990-ih, te je korišten tijekom godina od strane nekih članova Vanderbilt grupi i nekoliko suradnika. To je ukupna energije i snage Program specijalizirana za učinkovito korištenje ultrasoft pseudopotencijali i za primjenu na izolatora. Trenutni Najnovija općenito izdanje je cusp5.6.1. Kontaktirajte [email protected] za više detalja ili da se raspitate o pristupu.
  • CP. Kod je trenutno u upotrebi od strane skupine R. Car na Sveučilištu Princeton. Osim norma čuvaju pseudopotencijali, podržava ultrasoft potencijala generira ovog paketa, ili onih u „RRKJ3” oblika spomenute u vezi sa PWSCF gore. To se može skinuti s http://www.democritos.it/scientific.php.

Još jedan poznati vlasnički kod koji koristi ultrasoft potencijala je VASP paket. Međutim, VASP koristi ultrasoft potencijale generira pomoću nešto drugačiju shemu od one provedene ovdje. Dakle, pseudopotencijali uzeti iz knjižnice distribuira u sklopu VASP ne mogu uvesti u gore kod paketa, i obrnuto.

Arhiva ranijih verzija

Arhiva prethodnih verzija na uspp paket dostupan je ovdje. To je moguće mogao biti koristan u rješavanju problema s kompatibilnošću povezane s potencijalima generirana sa starijim verzijama koda.

Povratne informacije

Molimo pošaljite komentare ili prijedloge za poboljšanje u [email protected].

Priznanja i Odricanje

Ova web stranica se temelji dijelom o radu uz potporu američke Nacionalne zaklade za znanost u Grants br 9981193, 0233925, 0549198 i 1005838. Bilo mišljenja, nalaze i zaključke ili preporuke izražene u ovom materijalu stavovi autora i ne odražavaju nužno stavove Nacionalne zaklade za znanost.


David Vanderbilt

[email protected]

Computer science
Scherk-Collinsov generator skulptura

Source: http://people.eecs.berkeley.edu/~sequin/SCULPTS/scherk.html Carlo H. Séquin Neke od Brent Collinsovih nedavnih skulptura od drva mogu se razumjeti geometrijski kao prstenovi sedlastih površina nastalih zbog toroidalnog savijanja skraćene minimalne površine Scherka. Razvijen je računalni program za vizualizaciju različitih konfiguracija takvih sedlastih prstena s različitim brojem rupa i različitim količinama pletiva. Eksperimentiranje s različitim …

Computer science
Izvorno sučelje Fortran-77 CGI

Source: http://www.nber.org/sys-admin/fortran-cgi/ Želimo proslijediti ulazne parametre i učitati datoteku iz web preglednika u f77 fortran program na Apache web poslužitelju, ali nismo uspjeli pronaći mnogo korisnih informacija o tome. Naš je cilj koristiti knjižnice, Perl i ništa osim standardnog f77 kao što dolazi s FreeBSD-om. Postoje neka ograničenja zbog nedostatka općenitosti …

Computer science
Zašto pisanje softvera nije kao inženjering

Source: https://www.cs.usfca.edu/~parrt/doc/software-not-engineering.html Terence Parr [autor ANTLR rastavljača generatora itd…] Ovaj članak pojavio se na reddit i news.ycombinator.com. Dok moj talent leži u softveru, diplomski studiji su bili u računalnom inženjerstvu (projektiranje i izgradnja digitalnih računala). Jedno opažanje uvijek mi se činilo: računalno inženjerstvo činilo se jasnijim od računalne znanosti (softver za izgradnju). Postoji niz pravila za inženjersko …